小智和皮卡丘前往阿罗拉地区旅行，自然资源丰富的阿罗拉地区也极具魅力。在那里，小智与新的宝可梦们相遇，并且了解到了宝可梦学校。兴奋不已的小智在夜晚被一个不可思议的声音所引导……因为被阿罗拉地区所吸引，小智和皮卡丘选择留宿在库库伊博士家，并且进入宝可梦学校学习。有一天，小智的同班同学为小智举办了一场秘密欢迎会。在热闹的欢迎会上，阿罗拉地区的守护神卡璞・鸣鸣来访了……小智从库库伊博士那儿得到了一只被称为“洛托姆图鉴”的会说话的宝可梦图鉴，拿到图鉴后，小智带着皮卡丘和洛托姆图鉴与他的同学们一起兴高采烈地前往森林捕捉野生宝可梦。另一方面，火箭队三人组收到坂木的指令，也来到了阿罗拉。小智一边在宝可梦学校上学，一边见识着阿罗拉地区的宝可梦。一天，小智遇到了一只饿着肚子的木木枭，为了收服木木枭而前往森林的小智一行人，在森林深处发现了小笃儿的巢穴！正当他们在观察木木枭与小笃儿的时候，火箭队突然出现了。小智在宝可梦学校上学，这次课的内容是了解海洋中的宝可梦。库库伊博士作为特别讲师，宣布上课内容是钓鱼，可是小智没有钓竿。这时水莲提出可以到家里拿一支鱼竿借给小智，于是小智就跟着她走了。半路上，水莲突然在一个地方停了下来。周末到了，库库伊博士要出门一趟，让小智一个人在家。因为木木枭害得小智的衣服被打湿了，小智试图顺便帮博士洗衣服，可是却弄得一团糟，自己做出来的料理也黑暗得吃不下。把冰箱的食物都用完的小智决定买点东西回去，于是小智来到了购物街，偶然看见了马玛内与托戈德玛尔。在前往宝可梦学校上学的途中，小智遇到了野生的火猫宝可梦的火斑喵。这只火斑喵在抢走了小智的便当后逃走了。前去寻找火斑喵的小智，碰巧看到了火斑喵在与阿罗拉宝可梦猫老大冲突后伤痕累累的样子并立即决定将火斑喵带回家处理伤口。然而，这只不亲近人类的火斑喵再一次逃了出去。小智紧随其后追了过去，这时……小智等宝可梦学校的学生从大木校长那里接到了，照顾并观察在拉纳基拉山发现的宝可梦蛋的课题。夜间照顾蛋的任务被交由无法接触宝可梦的同学莉莉艾担当，小智决定到莉莉艾家里陪她一起照顾宝可梦蛋。原来莉莉艾的家居然是连对战场地都有的大豪宅。非常兴奋的小智与莉莉艾的管家进行了宝可梦对战。阿罗拉地区流传着，要想成为独当一面的宝可梦训练家孩子们就要进行“诸岛巡礼”，小智也想要挑战诸岛巡礼。岛上的田地发生了因拉达和小拉达而荒芜的事件，小智因此前去与岛上颇有声望，同时也是自己将要挑战的诸岛巡礼的关键人物——哈拉见面。小智很快向哈拉提出了挑战诸岛巡礼的请求，却被哈拉回绝道：“在此之前需要试试看是否有挑战诸岛巡礼的资格。小智迎来了与岛屿之王哈拉的大考验。擅长使用格斗属性宝可梦的哈拉，其充满力量的战斗风格让小智感到棘手。另一方面，小智派出了皮卡丘和木木枭的组合迎战。在对战中，哈拉与铁掌力士使出了Ｚ招式，小智也用Ｚ招式还击。战斗的结果是？宝可梦学校放假的日子来临了，小智一大早就和库库伊博士一起努力地进行Ｚ招式的特训。之后偶然遇到了在父母家的牧场帮忙的卡奇，于是，小智为了与卡奇进行对战，决定去卡奇家帮忙，在那里遇到了各式各样的宝可梦！
讲述小智和皮卡丘前往阿罗拉地区冒险，在阿罗拉地区的宝可梦学校生活，剧情不在是以往的打道馆，而是到阿罗拉各个岛屿和岛...