立山国际高中上学的学生大大减少了，剑之介和由希奈带着穆艾塔出现在这里。她的登场使美夏和赤城等人吃了一惊。另一方面，卡尔洛斯在以前一起去温泉的时候引起了话题的电影剧本终于完成了。眼看一切战斗结束之后，联合国开始忌惮他以及外星人的能力，决定囚禁剑之介和其他的两个外星人。剑之介不想连累由希奈，他也想报答雷泽这个外星人的大恩，便准备离开地球，随雷泽他们一起去战斗，守护地球的未来。由希奈不舍他的离开想要和他一起战斗，此时他再次说道：不愧是我的妻子。但是在由希奈随着剑之介离开的时候，受到了阻挠，由希奈重新掉入地球，剑之介说：我等你。至此太空的枢纽关闭了。由希奈没有放弃，她和伙伴们一起努力，在五年后终于踏上了去火星的旅途。 自古以来兵都是随时可以舍弃的。在由希奈被错抓到外太空的飞船上时，联合国舍弃了她；在战斗结束后，联合国畏惧强大的力量，再次舍弃剑之介等人。但是爱让彼此紧紧抓牢，不放弃。由希奈的妈妈海洋是研究所的所长，因为由希奈在填写未来职业的时候，写的是想上月球。老师觉得她的想法太匪夷所思了，于是，让由希奈的妈妈前来谈话。但是海洋身为联合国研究所的所长，她觉得女儿的想法完全可以得到支持，便回到研究所。妈妈走后，由希奈发现妈妈拉下了手机。便去研究所给妈妈送手机，顺便逛逛研究所。这时，外太空异常，有不明物体向地球发射。研究所里警报四起，人员一片慌乱。由希奈恰好看到研究所里存放的一个古人，手贴到玻璃壁上正要查看，这时玻璃炸开，刚刚还看似没有生机的人瞬间睁开眼，开口叫由希：公主。他与她的故事从这开始。经过几个月的相处后互生情愫，一起战斗到最后，但还是免不了分离。艾菲德尔克的立场将黑部研究所封锁。回到家的由希奈等人，再次从泽鲁那里得知了他自己的事，艾菲德尔克的事，以及由希奈的父亲・岳人的事。回到地球的由希奈和剑之介，穆艾塔。还未来得及高兴艾菲德尔克的母舰朝向地球开始慢慢降落，此时研究所的事态进一步陷入紧张。食人魔（オーガ），全高48米，全长170米，首次被认为艾菲德尔克戈宗列格队队长的坐骑。出现在日本的黑部大坝，机体本身很可能会飞行，飞行状态会从战斗状态进行变换。经推测它与一架弗兰格尔合体后会负责动力输出，火器管制与索敌的命令。没有外接武器，手臂本身就是四把超振动刀刃（flexible blade）。展开前段时，可以像手一样进行抓取动作。利迪（リディ），450年前作为艾菲德尔克先遣队来到地球的仙人掌，因为损伤而被放弃之后被泽鲁回收并且修理调整过。经过对母舰的调查红色是战斗用，黄色是维修用，蓝色是用来协助情报处理。虽然没有声音输出机能，（泽鲁的）采访过程中得知了“只要习惯了就知道它在说什么”。由希奈被米拉萨追击而在艾菲德尔克的母舰内逃窜了。为了夺回由希奈，剑之介是穆艾塔一起乘坐黑骸将进入母舰做为目标。而且这个时候索菲面前出现了“鬼”，开始讲述关于艾菲德尔克的的目。岩首（ロックヘッド），全高23.8米。全幅14.8米，“艾菲德尔克”降落于全世界的“弗朗格尔”之一，遭受战术性核攻击之时，虽然破坏了同行的无头，但该机体却未受到明显的损伤，不过之后便停止了活动被母舰回收，预测其内部构造可能受到了一定损伤，武器为装备在前腕处的两根回转式高频振动棒，特殊装备为通过凝结大气中的水分，再利用激光引发水蒸气爆炸，利用其膨胀力来加速的激光推进装置。艾菲德尔克母舰（エフィドルグ母舰），全高1140米，全长1000米，艾菲德尔克的标准强袭登陆舰。包括指挥官机体在内搭载机体数共90艘，因为装备反重力推进装置最大速度可达到亚光速，最初被认为是颗陨石，但因为它快速进行减速并且改变了路线，一瞬间就进入了地球轨道，目前国际空间站（ISS）已经破坏，美国计划用洲际弹道导弹（ICBM）进行反击，由于担心刺激到其他核力量国家，最终并没有进行发射。被带到了黑部研究所的穆艾塔，检测DNA与由希奈完全一致的事得到了证明。大家确信的由希奈被错误的当作穆艾塔带走。洋海为夺回由希奈而奔走……枢石（枢石），于黑部研究所最深处新发现的Artifact，疑为本次来袭的艾菲德尔克的回收对象，在对俘虏的审讯中得知此物是于450年由他们带来，但具体有何作用不得而知，该物体密度极高，仅仅一枚碎片就超过了500吨。生命体搬运囊（生体运搬嚢），艾菲德尔克的生命体搬运囊，将搬运的对象麻痹后用带状材料包裹全身，与外界隔绝，密封完毕后，内部的生命维持纳米机器就会启动，将对象维持在假死状态得以保存，已确认是仙人掌捕获地球人时使用的道具。 黑羽（クロウ），飞行式不明机体，由于外观特征与黑骸及其相似，被认为类属于同一技术系列的机体，它拥有着与蓝鸟相同的巨型羽翼，由于飞行式能观测到强力的重力波，推测其搭载由重力制御推进装置，又因其属于飞行式机体，颜色又呈全黑，因此代号命名为“黑羽”。剑之介和由希奈，收到了洋海从开始的三个月的工资。最初剑之介认为并没有侍奉研究所而拒绝了，但肚子的饥饿是无法改变的事而接受了。因这意想不到的收入而高兴的由希奈，小春和和尚，以及剑之介决定去温泉旅行。并且美夏也被吸引过来并在学校里说叫，不知为什么的话音变大得转学的同学们也被卷进来……大气层突入装备（大気圏突入スーツ），艾菲德尔克的特工突入大气层时所穿的太空服，以特殊聚合物为主要材料制成，在衣服缝合处封有纳米材料，其他还搭载了简易的重力控制装置，可实现水面行走。蓝鸟（ブルーバード），全长35米，翼展84米，降落在全世界“艾菲德尔克”的“弗朗格尔”之一，降落地点为法属圭亚那的卡宴，已确认的机体中唯一的飞行型，代号最初设定为“L’Oiseau bleu”，在英语圈转换为“Blue Brid”之后定下来，武器为机体中央装备的超震动长枪一柄，以及在艾菲德尔克中也十分罕见的飞行武器，超高密度的飞针。由于米拉萨和穆艾塔潜入，格雷厄姆下达了全面搜索调查黑部川下游的指示。相信着穆艾塔的雪公主身份的剑之介和由希奈一起在黑骸里寻找着，同时从艾菲德尔克的母舰上降下了战机。预测落下的地点是运输GAUS零件中的美国空军运输机附近。蜘蛛（スパイダー），全高23米，降落在全世界的艾菲德尔克大型机体中之一，艾菲德尔克将大型机体统称为“弗朗格尔”，降落地点为法国的斯特拉斯堡。之后渡过莱茵河侵入德国。虽然有四条腿，但在两脚步行时另外两条腿会收纳在背后，由于四脚状态活动非常敏捷，由此得来的代号名为“蜘蛛”，武器为一把超震动短刀和固定在左腋下的超震动小刀，脚底部还藏有短刀。美杜莎（メドゥーサ），全高20米，降落到世界的艾菲德尔克的机体中的一种，降落地点为阿塞拜疆的巴库郊外，头部固定着四把刀刃能随意动作，像蛇一样，所以被成为美杜莎，武器为手上内藏者的超震动刀两把，加上头部和腰部固定的一共八把展开式刀刃。黑部研究所，运用单人乘坐用的GAUS仿真测试的神美和塞巴斯汀。两者都得到了优秀的成绩，另一方面，结果是代替了索菲。气氛与平时不同的索菲让剑之介引起了注意。还知道了她的父母逼迫她回国的事。GeoExpress（ジオエクスプレス），因为上古遗迹的发掘，有连接能让大型船舶停靠的港湾之间交通的需要，作为能够运输“巨人”的线路而开通的，虽然结果上上古遗迹在现地进行研究，但还保留着大规模的运输能力，该线有着能够运输GAUS的特殊火车，新立山站也特殊设计为能够让大型构造物进出，路线行程为21km。黑骸收纳库（クロムクロ格纳库），为了对黑骸进行精密研究调查而建成的大型机库，因为没有考虑到会有需要发射起飞的事态所以夹持装置是固定式的，直到艾菲得尔克袭击以后，改良成了能够迅速发射和夹持的可动式。 Mass Driver，重力子控制性发射装置，用于验证通过重力子的控制完成投射重物的实验装置，弹射器内部有众多重力场发生装置，在发射之时将要发射的物体吸引至发射口实现发射，从发射的物体的角度来看，就像是向着发射口“下落”一般。 在立山町内的战斗，离开城镇的人们急剧增加。研究所职员也不例外，很多职员在立山国际高中的孩子们也转校了。在好友们的离去的教室之中，卡尔洛斯却无法说出转校。Cube（キューブ），“Artifact”之一，尽管六十年前就开始了分析作业，可解析程度还不及“巨人”的迷之物体，而它的真实面目是黑骸的驾驶舱的同时也是一种移动装置，拥有着独自的用户认证系统，只有当剑之介和由希奈都在的时候才能发挥作用。长臂（ロングアーム），全高27m，降落到世界各地的“艾菲德尔克”的大型机体之一，降落在美国南部内达华洲南部，因为有着奇特的长臂，被称之为长臂（Long Arm），在破坏51区的时候回收了某种东西但详细不明，武器为一把大型超震动刀以及固定在肢体上的六把超震动小刀。穆艾塔再次向剑之介挥起刀，被突然出现的神秘男子阻止了刀刃。两人交战中索菲等人将剑之介抬到外面去了，通过直升机送往黑部研究所，所以为了追逐艾菲德尔克的母舰投下了大型战机。一般来说人的身体被子弹贯穿，其实在战场上是件十分幸运的事。原因是子弹不停留在人的身体里，对伤口的处理要容易得多，只需止血即可，省去取出子弹这一步骤，降低感染率。虽说被身体被贯穿可以提高生存几率，但必须注意一个前提。那就去你得保证你不是被大口径武器贯穿身体，因为被被大口径武器贯穿身体会造成大面积的伤口，所以在血没有止住之前你就失血过多而死了。黄色巨蟹（イエロークラブ），全高19.6m，向全世界降下的侵略者中的大型机体中的一种，降下地点为日本的富山市。被认为是侵略者的指挥官用机体，有着独特的形态和与尺寸不相称的高功率重力护盾，是第一台被确认有人乘载机体，因此动作非常的敏捷，以及会采取和无头不一样的战术性行动。武器为超震动刀两把，和固定在背上的伸缩刀刃。暑假结束后，由希奈的教室里进行了文化祭的企划会议。在平凡的企划中，茅原的“艾菲德尔克知识讲座！”企划引人注目。文化节的准备不停地前进着，终于文化祭的当日。在世人的注目下，公开讨论会开始了……仙人掌（カクタス），全高3.8m，侵略者大量投入使用的无人小型机体，武器是藏在两腕内侧的超震动剑，没有控制重力和惯性的能力。各地皆有出没，似乎会掳走人类。而无头（ヘッドレス）全高19.6米，是入侵者投放的大型无人机体。由于装有重力控制以及惯性控制装置，远距离攻击都被其无效化。但已确认可通过动能炮弹的饱和攻击使其重力防护罩短时间内超载运行，从而将其击破。 GAUS搬运车（GAUS运搬トレイラー）为GAUS长途运输特别制作的车辆，因此只在运送美国制造的GAUS上半身的时候用过一次，搬运完整的大型机体还是第一次，最大载重450吨。
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