第一种结局：95集TV版。开放式的结局，大家一起在桥上等待剑心和小薰的归来，并最终随着大家的笑容一起结束了95集的TV版。第二种结局：漫画版．最终篇-人诛篇（漫画第18卷----第28卷）京都决战后，剑心他们过着平静的生活。但是好景不长，剑心过去的鬼魅----他的前妻雪代巴的弟弟雪代缘为了报复而从上海回来了。而且和以前与剑心有过节的人组成六人同志，发誓要把剑心打入地狱的深渊里。让他感觉到生不如死的痛苦。在这一篇里，剑心和薰他们讲回了自己的往事（就是OVA追忆篇的故事）。你也有机会目睹一下左之助的家人。然后，当决战完后。剑心和薰在京都里雪代巴的墓上参拜。作者也在这里为角色们做个总结。结局里，剑心并没有为自己的过去越压越跨，反而越战越勇。发出阳光般的笑容并说着就算他的手上的逆刃刀已经没了（送给弥彦了），但是他还是会在不杀的信念里继续自己的战斗。薰听后也以一个阳光般的笑容来回应说：辛苦了，剑心。